Estuari

Secara sederhana estuari didefinisikan sebagai bagian daerah pesisir pantai yang tertutup atau terlindung gundukan pasir atau pulau tempat air tawar dan air laut bertemu dan bercampur.  Segara Anakan merupakan estuari semi tertutup yang memiliki pintu masuk air laut. Segara Anakan terlindung dari Nusa Kambangan. Kawasan yang tertutup itu kemudian menjadi muara dari sungai-sungai di daerah Cilacap dan tempat bertemunya dengan air laut, yang kemudian menjadi estuari. Estuari berperan sebagai daerah peralihan antara  kedua ekosistem akuatik  tersebut. Karena berhubungan secara langsung dengan laut, maka estuari dipengaruhi oleh adanya pasang surut dari laut. Estuari merupakan tempat hidup organisme yang unik dan merupakan tempat yang sangat produktif di bumi, dengan mangrove yang hidup di sepanjang pantai. Ada sejumlah cacing, kepiting, udang yang hidup di bawah lumpur. Keong dan kepiting merayap di sepanjang pantai. Di estuari juga banyak terdapat ikan dan plankton (Castro dan Huber 2000, Goldman dan Horne 1983, Lerman 1986,  Nybakken  1993, dan Sumich 1999).

            Secara geomorfologi estuari terbagi kedalam 3 bentuk, yaitu Coastal plain estuary, estuari tipe ini merupakan estuari yang terbentuk akibat mencairnya es yang menyebabkan naiknya air laut sampai ke muara sungai dan menggenanginya. Tipe estuari yang kedua adalah tectonic estuary, tipe estuari ini terjadi karena peristiwa tektonik. Ketiga adalah tipe estuari, semi-enclosed lagoon atau estuari semi tertutup. Estuari semi tertutup adalah tipe estuari yang memiliki gundukan pasir atau pulau yang sejajar dengan pantai, dan menutup sebagian air di belakangnya dari air laut. Ini menyebabkan terbentuknya danau yang dangkal di belakang gundukan pasir atau pulau, yang menampung air tawar yang berasal dari daratan. Tipe estuari semi tertutup ini sama dengan tipe estuari di Segara Anakan. Di Segara Anakan yang menjadi penutupnya adalah pulau Nusa Kambangan. Estuari memiliki karakteristik yang unik bila dibandingkan dengan ekosistem lainnya (Bird 1982; Nybakken 1993).